La struttura della Fondazione Exodus Onlus si è evoluta di pari passo con il sorgere di nuove e diverse esigenze espresse dai propri utenti.
Una struttura che nel tempo si è differenziata per cercare di offrire una risposta sempre più mirata e di qualità. Degli oltre 80 dipendenti circa, l’85% sono figure professionali direttamente impegnate in ambito educativo, a questi si aggiungono collaboratori e consulenti inseriti nei diversi ambiti di competenza.

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Gli organi sociali della Fondazione Exodus sono:
- Consiglio di Amministrazione
Collegio dei Revisori dei Conti

La Segreteria Generale sovrintende l'attività gestionale e amministrativa, coordina inoltre le unità di offerta (Comunità, Case di accoglienza e tutti gli altri presidi educativi) in cui si articola l’organizzazione.
In staff alla Segreteria Generale operano le seguenti funzioni:

- Affari Generali
- Ufficio Personale
- Ufficio Rendicontazione attività su Progetti
- Comunicazione Istituzionale e Ufficio Stampa
- Comunicazione e raccolta fondi
- Direzione Tecnico Scientifica del Progetto Educativo

Segretario Generale: Dott. Franco Taverna